La Conférence établit des partenariats et collabore avec plusieurs organismes et ministères afin de réaliser des priorités régionales.

• Ministère des Affaires municipales, des Régions et de l'Occupation du terrtoire
• Ministère du Développement économique, de l'Innovation et de l'Exportation
• Ministère de la Culture, des Communications et de la Condition féminine
• Ministère des Transports
• CLD
• Chambres de commerce
• GÎMXPORT
• Centre de recherche sur les milieux insulaires et maritimes (CERMIM)
• Société de développement de l'industrie maricole (SODIM)
• TechnoCentre éolien
• Commission Jeunesse Gaspésie-Les-Îles
• Conseil régional de l'environnement de la Gaspésie et des Îles-de-la-Madeleine
• SÉPAQ
• Société du chemin de fer de la Gaspésie
• Réseau de transport collectif de la Gaspésie et des Îles-de-la-Madeleine (RéGÎM)
• Réseau collectif de communications électroniques et d'outils de gestion Gaspésie-Îles-de-la-Madeleine
• Chantier de l'économie sociale
• Réseau québécois de développement social (RQDS)
• Revue Développement social