Les 42 municipalités de la Gaspésie sont regroupées au sein de cinq Municipalités régionales de comté (MRC) et la région compte une 43e et 44e municipalités hors MRC, celles des Îles-de-la-Madeleine et de Grosse-Île. Toutefois, la Municipalité des Îles-de-la-Madeleine a tous les pouvoirs et responsabilités d'une MRC. Le territoire de chacune constitue un monde en soi, différent par la topographie, l'histoire et le peuplement. La MRC de La Haute-Gaspésie correspond à la rive nord, région spectaculaire de caps et de falaises. Les MRC de La Côte-de-Gaspé et du Rocher-Percé s'identifient à la Pointe, extrémité de la péninsule gaspésienne, où la chaîne des Appalaches vient mourir dans la mer. Les MRC de Bonaventure et d'Avignon forment la Baie-des-Chaleurs, le secteur le plus méridional où la clémence de la température avait déjà frappé le découvreur Jacques Cartier. Enfin, les Îles-de-la-Madeleine, archipel de sable blanc et de lagunes qui s'étend dans le golfe du Saint-Laurent à quelque 200 km des côtes.

Les MRC du Québec ont été délimitées d'après des critères d'appartenance au milieu. Leur conseil est composé du maire de chacune des municipalités comprises sur leur territoire. La personne responsable de cette institution, le préfet, peut être nommée par le conseil des maires ou élue au suffrage universel. Le mode de représentation de chaque municipalité au sein de l'organisme est traité par MRC et décidé par les élus concernés. Le budget de chaque MRC est en partie financé par le gouvernement du Québec, mais principalement par les municipalités-membres sous forme de quotes-parts.